Перед вскрытием гроба и освидетельствованием честных останков в Бозе почившего Владыки Иоанна требовалась подготовка, как духовная, так и практическая. Практически необходимо было выяснить насколько сложно открыть саркофаг, в котором находится гроб Владыки, в каком состоянии гроб, и есть ли к нему свободный доступ. Эта работа была проведена 17 сентября, в день памяти святых мучениц Веры, Надежды, Любви и матери их Софии. Вечером этого дня Архиепископ Антоний, священник Георгий Куртов, протодиакон Николай Поршников, чтец Владимир Красовский и Б. М. Троян спустились в усыпальницу и, после того, как Владыка Антоний отслужил литию, приступили к работе. За два часа времени они сумели снять крышку саркофага и ее опустить на пол. Весом крышка весила около 400 фунтов. Открыв крышку, они первым долгом увидели мантию, блестящую, как новая. Под мантией стоял гроб Владыки Иоанна. Никакого запаха не было. На крышке гроба было несколько пятен — ржавчина. После осмотра гроба, саркофаг был закрыт в ожидании освидетельствования самих останков Владыки Иоанна.

К 28 сентября, дню памяти преподобного Харитона исповедника, в Сан Франциско прибыл член утвержденной Архиерейским Синодом Русской Православной Церкви заграницей Комиссии по подготовке к предстоящим прославлениям, Преосвященный Лавр, Архиепископ Сиракузский и Троицкий. Другой член Комиссии, Архиепископ Алипий, не смог прибыть в связи с двумя престольными праздниками в его епархии. В состав Комиссии вошел (по положению, как Викарий) Преосвященный Кирилл, Епископ Сеаттлийский. Также были назначены участвовать в освидетельствовании несколько духовных лиц из состава Епархиального совета и клира Кафедрального собора (они будут перечислены ниже). Всего в освидетельствовании приняло участие трое в архиерейском сане, семь в пресвитерском, три в диаконском, один чтец и один мирянин. Все участники этого святого дела соблюдали строгий пост в этот день. Некоторые подготовились к этому делу таинством исповеди, а другие в этот день совершили Божественную Литургию и причащались Святых Христовых Тайн.

После вечерни и утрени в Кафедральном соборе участники освидетельствования мощей постепенно начали спускаться в крипту с гробницей Владыки Иоанна. Участвовали: Архиепископ Антоний, Архиепископ Лавр, Епископ Кирилл, прот. Стефан Павленко, прот. Петр Перекрестов, свящ. Георгий Куртов, свящ. Сергий Котар, свящ. Александр Красовский, иеромонах Петр (Лукьянов), свящ. Павел Ивашевич, протодиак. Николай Поршников, диакон Алексей Котар, иеродиак. Андроник (Таратухин), чт. Владимир Красовский и смотритель усыпальницы Борис Михайлович Троян. Все архипастыри и священники по очереди читали у гробницы Святое Евангелие. Ровно в 9 ч. вечера преосвященными была отслужена панихида по Владыке Иоанну. После панихиды Архиепископ Антоний произнес краткое слово, призывая всех участников этого святого дела быть примиренными, и затем, сделав земной поклон, испросил у всех прощения.

С благоговением, облаченные в епитрахилях, при пении тропарей «Помилуй нас Господи, помилуй нас» приступили к открытию саркофага. Священник Георгий Куртов заранее сделал деревянный гроб, который был принесен в усыпальницу. Благодаря подготовительной работе 17 сентября, крышка саркофага была снята без каких-либо затруднений. Задев ленты под гроб, духовенство вынуло его и поставило на подложенную на саркофаг доску. Оказалось, что в очень многих местах гроб совершенно проржавел, в том числе и дно. Иеромонах Петр достал хранящийся им в течение 27 лет ключ от гроба Владыки Иоанна, но из-за ржавчины, не смог гроб открыть. Была попытка отвинтить петли с противоположной замку стороне гроба, но и винты проржавели. Не желая такое святое дело совершать грубой силой, духовенство медленно пыталось открыть крышку. Владыка Антоний, увидев, что есть затруднения, запел «Не имамы иныя помощи...» и, почти сразу, замок был открыт. Все отодвинулись в сторону, пропустив Архиепископа Антония к отпертой крышке гроба.

В 10 часов 10 минут вечера, Владыка Антоний с трепетом и страхом Божиим открыл гроб с честными останками приснопамятного Архиепископа Иоанна. Необходимо отметить, что за исключением Епископа Кирилла, который участвовал в открытии мощей новопреподобномучениц кн. Елизаветы и инокини Варвары в Иерусалиме, никто из присутствующих не был свидетелем открытия мощей и это еще больше усугубило благоговейный трепет с которым окружили гроб Владыки Иоанна. Лицо Владыки Иоанна было закрыто и все первым долгом обратили внимание на его светлые нетленные руки. Белое облачение и митра Владыки Иоанна позеленели. Перекрестившись и читая 50-й псалом Владыка Антоний снял с лица Владыки Иоанна воздух и все увидели нетленный лик приснопамятного иерарха. Кожа на лице Владыки светлая *. Борода полностью сохранилась. На месте глаз небольшие отверстия, но это еле заметно посколько митра на голове Владыки Иоанна сидит очень низко. Подризник Владыки почти полностью истлел и видны его ноги - они темные — известно, что у Владыки Иоанна были очень больные ноги и еще при его жизни были темными от ран. Заметно пятно на ноге Владыки — место, где была кровавая рана. Не было ни благоухания, ни неприятного запаха, однако слегка слышался запах сырости — ни то земли, ни то ржавчины. После открытия лица Владыки Иоанна стояла необычайная тишина, затем все начали внимательно осматривать святые останки и тихими голосами отмечать состояние как останков, так и облачения, креста... По очереди все приложились к нетленным останкам Владыки Иоанна.

Было решено переложить мощи в новый деревянный гроб. Духовенство не знало насколько тело хрупкое и поэтому подложило под него пелену и только тогда перенесло его в новый гроб при пении ирмосов Великого канона «Помощник и покровитель... На недвижимом Христе Камени...». Уже в новом гробу духовенство начало очищать останки Владыки Иоанна от истлевшей подкладки (и подушки) гроба. Приподнятое высоко тело Владыки Иоанна оказалось довольно легким по весу и окостенелым, а не гибким или хрупким как предполагалось. Следует отметить в каком состоянии находились участники освидетельствования мощей: после открытия лица Владыки Иоанна ощущалось какое-то необыкновенное духовное спокойствие, необыкновенная благоговейная тишина. Никто не удивлялся, ни разговаривал, а всем было так хорошо, так благодатно стоять у мощей Владыки. Не было никакой спешки, никакой суеты — никому не хотелось отходить от мощей, а просто у них стоять, молиться и к ним прикасаться.

Очистив мощи от подкладки гроба и от насыпанной в конце отпевания Владыки Иоанна земли, духовенство опять опустило мощи в деревянный гроб и Архиепископ Антоний при чтении кондака Великого Канона «Душе моя, восстани...» закрыл лицо приснопамятного Архиепископа Иоанна новым воздухом, а тело было прикрыто пеленой. Затем Владыка Антоний поведал всем, что у одного священнослужителя епархии, священника Ярослава Беликова, двухлетний сын очень сильно болен, и что он по близости от собора с сыном ждет, чтобы приложиться к мощам. За отцом Ярославом послали и вскоре он с младенцем на руках спустился в усыпальницу и приложил своего сына Всеволода к нетленным рукам Владыки Иоанна. Деревянный гроб был перенесен и опущен в очищенный от ржавчины саркофаг, закрыт, запечатан и покрыт мантией. Была внесена крышка саркофага и установлена на прежнем месте. Духовенство запело святительский тропарь «Православия наставниче, благочестия учителю и чистоты...». Отслужена заупокойная лития. Все приложились к гробнице Владыки Иоанна и были помазаны елеем от лампады на гробнице. В 11 часов 15 минут вечера все начали расходиться благодаря Господа Бога за Его милость к нам, явленную нетлением останков приснопамятного Святителя Иоанна, чему все мы нижеподписавшиеся стали свидетелями.